Jubei Kibagami, Feodal Japonya zamanlarında yaşayan, hayatını kazanmak için bütün Japonya'yı baştan aşağı dolaşıp kılıcını kiralayan efendisiz bir ninjadır. Fakat kader, ağlarını Jubei'nin averelik günlerine bir süreliğine son vermek için örmeye başlamıştır. Salgın hastalık yüzünden telef olan bir köyü araştırmak için gönderilen Koga Ninja takımı, yolda Tssai adlı bir yaratık tarafından saldırıya uğrar ve Kagero adlı dişi bir ninja hariç tamamı katledilir. Kagero, Jubei tarafından kurtarıldıktan sonra, intikamını almak için geri dönen Tssai, Jubei ile yaptığı düelloyu garip bir şekilde kaybeder ve tam bu sırada Dakuan'ın da olaya karışır.
